История Казанского Богородицкого монастыря неразрывно связана с обретением, прославлением и почитанием в России чудотворной Казанской иконы Божией Матери. Эта чудотворная икона является одной из наиболее почитаемых в Русской Церкви. Среди всех Богородичных икон Казанский образ имеет наибольшее количество чудотворных почитаемых списков. До революции в сознании большинства русских людей название губернского города Казань ассоциировалось, прежде всего, с Казанской чудотворной иконой, хранившейся в Богородицком женском монастыре. История обретения чудотворной иконы и основания монастыря такова. В июне 1579 года в Казани был большой пожар. Огонь поглотил целый район, примыкавший к Кремлю с северо-востока.
Сгорел двор стрелецкого сотника Данилы Онучина (церковное предание говорит о нем, как о стрельце, хотя Онучины – нижегородские дворяне, переселившиеся в Казань в 60-е годы XVI в.). Двенадцатилетней девочке Матроне, дочери сотника Онучина, трижды являлась во сне Пресвятая Богородица, повелевая идти на городское пепелище и обрести Ее образ. Девочка рассказала матери, а та сообщила о видении архиепископу Казанскому Иеремии, воеводе Богдану Сабурову, дьякам Михаилу Битяговскому и Василию Шулепину. К несчастью, никто не поверил сказанному. Возвратившись домой, Матрона и её мать не отчаялись, напротив, решили действовать: начали рыть землю в указанном дочерью месте. 8 июня (ст.ст.) 1579 года девочка Марфа обнаружила икону Богородицы на месте горевшего дома. Вскоре после обретения, по повелению Казанского архиепископа, икона при большом стечении народа была перенесена в ближайший храм – в церковь Николы Тульского. В обретении иконы принимал участие священник казанской Николо-Гостинодворской церкви Ермолай, позже – Казанский митрополит, а затем и Всероссийский патриарх и священномученик Гермоген, канонизированный Русской Церковью в 1913 году. Он и описал, в бытность Казанским митрополитом, сказание об обретении иконы и чудотворениях от нее.
В 1595 году было установлено особое празднование Казанской иконе Божией Матери (8 (21) июля, в честь обретения иконы). В 1611 году митрополит Казанский Ефрем, которого призвал на борьбу с поляками заточенный в тюрьму патриарх Гермоген, направил вместе с Казанским отрядом в ополчение Минина и Пожарского список с Казанской иконы Божией Матери. Перед взятием Москвы русское ополчение усиленно молилось перед чудотворной иконой, в результате освобождение Москвы от поляков было приписано заступлению Божией Матери «ради Казанской иконы Ее». В память об этом событии было установлено второе всероссийское празднование Казанской иконе – 22 октября (4 ноября).
Список, бывший в ополчении поместили в специально построенный на Красной площади Казанский собор. Другой чудотворный список находился в Казанском соборе Санкт-Петербурга. До революции Казань, Москва и Петербург оспаривали право считаться обладателями настоящей чудотворной иконы. В 1904 году Россию потрясло известие о краже в ночь на 29 июня чудотворной иконы из Казанского Богородицкого монастыря. Похитители вскоре были арестованы, но икона не была найдена. Версия о том, что икона сожжена или продана похитителями старообрядцам не нашла подтверждение. Следствие не дало ответа ни на один из волновавших верующих вопрос.
Однако похищение иконы не остановило потока паломников к месту ее обретения. В 1910-1913 гг. в подземелье собора, непосредственно на месте обретения иконы был выстроен подземный храм. Более того, в Казани распространилось предание о том, что в действительности похищен был только чудотворный список, а настоящая древняя икона была сокрыта и сохранена старой игуменьей. Многие утверждают, что ныне эта сохраненная древняя Казанская икона Божией Матери находится в церкви Ярославских чудотворцев.
Царским указом в 1579 году на месте явления чудотворной иконы основан Богородицкий женский монастырь. Одной из первых насельниц монастыря, а по преданию, и первой настоятельницей, стала обретшая икону девочка Матрона (инокиня Марфа). Казанско-Богородицкий монастырь занимал площадь, ограниченную нынешними улицами Большой Красной, Япеева, Нагорной и уже не существующим переулком у Пятницкой церкви. Все строения монастыря изначально были деревянными, но уже в 1594 году был возведен первый каменный храм во имя явления Казанской иконы Божией Матери.
В 1796 году на месте обретения был заложен новый храм. Строительство велось по проекту известного зодчего Ивана Старова, которое было завершено в 1807 году. Монастырь представлял собой обширный архитектурный комплекс разновременных построек, значительная часть которых, к сожалению, разрушена в советское время. Снесен главный монастырский собор, построенный на месте обретения иконы, а также утрачена шестиярусная колокольня XVII века высотой 55 метров.
XIX век стал для монастыря благодатной эпохой торжества веры: на огромной территории под стенами Казанского Кремля раскинулся один из самых крупных монастырей России. В монастыре служило 600 сестер, работала больница, гостиница и сиротский приют. Одним из самых "молодых" строений монастыря (середина XIX века) считается Крестовоздвиженский корпус. В стенах его располагалась общая трапезная, школа живописи, ризница, швейные мастерские и хлебопекарня.
Удивителен факт, несмотря на близость к Кремлю, монастырь был жив молитвой и после революции. По переписи населения 1922 года здесь числилось две сотни послушниц. Лишь к 30-му году обитель покинули последние монахини. В советские годы на территории монастыря располагались: киностудия, склады и табачная фабрика.
На сегодняшний день из обширного комплекса монастыря сохранился двухэтажный корпус с Крестовоздвиженской церковью, построенный в 1882-1887 гг. и Софийская надвратная церковь, которая с 1993 года передана Казанской епархии. В глубине квартала расположены двухэтажные Настоятельский и Никольский корпуса, полукругом охватывающие то место, где раньше стоял собор. Они построены в 1810-1843 гг. по проекту архитектора Я.М.Шелковникова. На улицу Нагорную выходит сильно перестроенная церковь Николы Тульского, возведенная в 1810-1816 гг. на месте приходского храма, в котором первоначально находилась обретенная икона.