Прогимназия функционирует как муниципальное автономное образовательное учреждение для детей дошкольного и младшего школьного возраста «Прогимназия № 29» Советского района города Казани с 2004 года путем реорганизации общеобразовательной начальной школы № 29 и присоединения к ней детского сада № 9.
Прогимназия является правопреемником Муниципального дошкольного образовательного учреждения – «Детский сад № 9 общеразвивающего вида» и Муниципального образовательного учреждения «Русско-татарская начальная школа № 29».